Схиархимандрит Рафаил (в миру Сергей Николаевич Иванов) родился в Челябинской области 17 июля 1955 года, в канун дня памяти преподобного Сергия Радонежского. Ребенок воспитывался в благочестивой многодетной семье.
В девятнадцать лет Сергей был призван в ряды Советской Армии на службу в инженерных войсках. Военную службу он окончил в звании ефрейтора.
О своем детстве и семье батюшка рассказывал очень мало ввиду своей неподдельной скромности. О своем отце он вспоминал в душевных разговорах с братией и рассказывал следующее: «Папа вырос в благочестивой семье и был уважаемым священнослужителем. Многие испытывали неприязнь к священнику и старались всячески мстить его родственникам, иногда и мне попадало». Однажды его отца так избили настолько сильно, что последствия травмы беспокоили его на протяжении всей жизни. В 1977 году отец схиархимандрита Рафаила скончался.
Мама отца Рафаила всегда руководствовалась благословениями архимандрита Наума (Байбородина). По благословению старца, перед поступлением Сергия в Московскую Духовную Семинарию, вся семья переехала в поселок Вышу и поселилась недалеко от Успенского монастыря, в котором некогда пребывал в затворе святитель Феофан. После переселения семьи в Рязанскую область, Сергей работал электриком в Психоневрологическом интернате, который находился на месте, где раньше располагался знаменитый Вышенский Успенский монастырь.
В 1982 году Сергей успешно сдал вступительные экзамены и был зачислен в Московскую Духовную Семинарию. Обучаясь последний год в Духовной Семинарии, он подал прошение о поступлении его в число братии Троице-Сергиевой Лавры и сразу же был пострижен в монашество. Случилось это 27 марта 1984 года. Монашеский постриг совершил наместник Лавры архимандрит Евсевий (Саввин). Сергию нарекли имя Спиридон, в честь свт. Спиридона, епископа Тримифунтского.
19 июля 1984 г., на второй день празднования памяти преподобного Сергия Радонежского, в Успенском соборе Лавры архиепископ Владимирский и Суздальский Серапион (Фаддеев) рукоположил монаха Спиридона в иеродиакона. А 19 декабря 1984 г., в день памяти свт. Николая Чудотворца, владыка Серапион рукополагает иеродиакона Спиридона в иеромонаха в Успенском соборе города Владимира.
Святейший Патриарх Пимен, видя в молодом монахе усердие в несении всех возложенных на него послушаний, в 1987 году возводит отца Спиридона в сан архимандрита.
С 1988 по 1989 гг. батюшка несет послушание в Финансово-хозяйственном Управлении Московской Патриархии, руководя реставрационно-строительным отделом. За ответственное выполнение послушания патриарх Пимен удостаивает архимандрита Спиридона правом ношения второго Креста с украшениями.
В 1989 году архимандрита Спиридона назначают экономом Троице-Сергиевой Лавры.
Когда вернули Церкви Донской монастырь г. Москвы, отца Спиридона благословили проводить восстановительные работы в этой обители. Он также был там экономом.
После Донского монастыря архимандрита Спиридона направляют восстанавливать Борисо-Глебский Аносин монастырь. Патриарх Алексий II назначает отца Спиридона его настоятелем.
В 2009 г. Священноначалие освобождает батюшку от несения послушания в Аносином монастыре и направляет в родную Троице-Сергиеву Лавру, где он исправно несет общие послушания.
Батюшка был награжден многими церковными наградами. Среди них - Орден Преподобного Сергия III ст. (1987 г.), Орден святого князя Владимира III ст. (1988 г.), Орден Преподобного Сергия II ст. (2005 г.), Орден Преподобного Серафима Саровского III ст. (2010 г.). В юбилейный год рождения преподобного Сергия Святейший Патриарх Кирилл во внимание к трудам на благо Святой Церкви, награждает архимандрита Спиридона Патриаршим знаком «700-летие преподобного Сергия Радонежского».
Часто, архимандрит Спиридон удалялся в Параклит, скит, который находится неподалеку от Лавры. Там он пребывал в уединении и сосредоточенном молитвенном общении с Господом Богом, к чему с самого начала своего монашеского подвига стремилась его любящая душа.
В 2019 году онкологическое заболевание начало прогрессировать. Поскольку батюшка имел много сопутствующих заболеваний 27 декабря 2019 г., в Центральной клинической больнице г. Москвы епископ Сергиево-Посадский Парамон, наместник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, совершил постриг в великую схиму. После пострига архимандрит Спиридон стал схиархимандритом Рафаилом.
С каждым днем состояние батюшки ухудшалось. Врачи делали все возможное, чтобы ослабить мучения, которые сопутствуют развитию этой разрушающей болезни. Но их усилия были тщетны. 12 мая 2020 года отец Рафаил отошёл ко Господу.
Помолимся о том, чтобы упокоил Господь своё чадо в Небесном Царствии, где вместо одра болезни - Фаворский свет, вместо страданий - не перестающие веселие и радость.